Încă avem nevoie de grafuri pangenomice?
Invitat: Dr. Andrea Guarracino — Assistant Professor, Bioinnovation and Genome Sciences, Translational Genomics Research Institute (TGen), part of City of Hope, Phoenix, AZ (SUA)
Miercuri, 27 mai 2026, la ora 17:00 (ora României) / 16:00 (CEST)
Eveniment online — https://us02web.zoom.us/j/3255268325…
ICDG Grand Rounds, ICDG și UMFCD, București
Trecerea de la referințele genomice liniare la pangenomurile la scară populațională reprezintă o direcție esențială pentru cercetarea genomică modernă, eliminând erorile și bias-urile introduse de metodele tradiționale.
Dr. Andrea Guarracino, cercetător și dezvoltator principal al platformelor PGGB și ODGI la institutul TGen din Arizona, va prezenta o perspectivă inovatoare asupra modului în care putem depăși obstacolele computaționale uriașe pe care le presupune construirea grafurilor pangenomice la scară largă.
În cadrul seminarului ICDG Grand Rounds, prezentarea va fi structurată exact pe rezolvarea limitărilor actuale din analiza genomică. Dr. Guarracino va discuta despre:
Problema referințelor liniare: cum analiza genomică standard introduce bias-uri și denaturează variația complexă. Limitarea grafurilor pangenomice: cum acestea codifică variația la nivelul multor genomuri, dar construirea și stocarea grafurilor explicite devine prohibitivă computațional la scară populațională. O alternativă eficientă: utilizarea alinierii pangenomice și a reprezentărilor indexate pentru a răspunde direct la aceleași interogări, în loc de a construi întregul graf. Impactul major: reducerea puterii de calcul și a memoriei cu ordine de mărime, făcând analiza populațională posibilă pe un singur laptop.
În continuarea prezentării principale va avea loc sesiunea interactivă, urmată de o discuție cu echipa de bioinformatică a ICDG.
#ICDG #ICDGGrandRounds #Genomics #Pangenome #Bioinformatics #Genetics #Research #Innovation #TGen